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Esta imagem do microscópio eletrônico de transmissão mostra o SARS-CoV-2 - também conhecido como 2019-nCoV, o vírus que causa o COVID-19 - isolado de um paciente nos EUA. As partículas virais são mostradas emergindo da superfície das células cultivadas em laboratório. Os picos na borda externa das partículas do vírus dão aos nomes dos coronavírus, em forma de coroa. Crédito: NIAID-RML
Como o SARS-CoV-2 se espalhou pelo mundo, sua taxa de transmissão variou ao lado de variações em seu genoma, de acordo com pesquisadores da Universidade da Califórnia, Davis. A vigilância do genoma do vírus pode ajudar as autoridades públicas a atingir áreas prestes a sofrer um aumento de infecção.
"O que estamos tentando fazer é estabelecer se a variação genômica do vírus é preditiva de alterações na infectividade", disse Bart Weimer, professor de saúde e reprodução da população na Faculdade de Medicina Veterinária da UC Davis. Uma pré-impressão descrevendo o trabalho está disponível on-line e o artigo foi submetido para publicação.
Weimer e o estudante de graduação DJ Darwin R. Bandoy analisaram os genomas de 150 cepas de SARS-CoV-2, principalmente de surtos na Ásia anteriores a 1 de março de 2020, além de informações epidemiológicas e de transmissão desses surtos. Eles classificaram os surtos por estágio: índice (sem surtos ), decolagem, crescimento exponencial e declínio. A facilidade de transmissão de um vírus é definida pelo valor R, ou número reprodutivo, em que R é o número médio de novas infecções causadas por cada pessoa infectada.
Eles combinaram todas essas informações em uma métrica chamada GENI, para identidade do genoma do patógeno .
Embora tenha apenas 15 genes, o SARS-CoV-2 está sofrendo mutações o tempo todo enquanto se espalha pelo mundo, disse Weimer. A maioria dessas alterações faz muito pouca diferença, mas às vezes o vírus se torna mais ou menos transmissível. Por exemplo, as estimativas de R a partir de 1º de março variaram de menos de 2 na China a até 8 na Itália.
A comparação dos escores GENI com a fase de uma epidemia mostrou que um aumento na variação genética precedeu imediatamente o crescimento exponencial nos casos, por exemplo, na Coréia do Sul, no final de fevereiro. Em Cingapura, no entanto, surtos de variação foram associados a surtos menores que as autoridades de saúde pública conseguiram rapidamente controlar.
A equipe está planejando realizar uma análise mais profunda com um conjunto maior de 2.000 genomas SARS-CoV-2 agora disponíveis.
Combinar informações genômicas e epidemiológicas dessa maneira pode permitir às autoridades antecipar melhor onde está ocorrendo um rápido aumento nos casos de COVID-19, disse Weimer.
Explorar mais
Mais informações: DJ Darwin R Bandoy et al. Dinâmica pandêmica do COVID-19 usando estágio epidêmico, número reprodutivo instantâneo e pontuação na identidade genômica do patógeno (GENI): modelagem da epidemiologia molecular, medrxiv (2020). DOI: 10.1101 / 2020.03.17.20037481
Fornecido por UC Davis
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HélioR.M.Cabral (Economista, Escritor e Divulgador de conteúdos da Astronomia, Astrofísica,
Astrobiologia e Climatologia).
Membro da Society for Science and the Public
(SSP) e assinante de conteúdos científicos da NASA (National Aeronautics and
Space Administration) e ESA (European Space Agency).
Participa do
projeto S`Cool Ground Observation (Observações de Nuvens) que é integrado ao
Projeto CERES (Clouds and Earth´s Radiant Energy System) administrado pela
NASA.A partir de 2019, tornou-se membro
da Sociedade Astronômica Brasileira (SAB), como astrônomo amador.
Participa também do projeto The Globe Program / NASA
Globe Cloud, um Programa de Ciência e Educação Worldwide, que também tem o
objetivo de monitorar o Clima em toda a Terra. Este projeto é patrocinado pela
NASA e National Science Fundation (NSF), e apoiado pela National Oceanic and Atmospheric
Administration (NOAA) e U.S Department of State.
e-mail: heliocabral@coseno.com.br
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